Die NASA bereitete sich im Mai 1966 auf die nächste spektakuläre Gemini Mission vor. Geplant war eine Wiederholung des Kopplungsmanövers mit einem GATV Zielsatelliten. Nach einem ersten Docking sollten sich beide Raumschiffe wieder trennen und später erneut ein Rendezvous vornehmen. Außerdem stand eine umfangreiche EVA auf dem Programm, wobei Eugene Cernan eine AMU genannte Manövriereinheit testen sollte. Diese war weitaus komplexer als die bisher verwendeten handbetriebenen kleinen Gasdruckpistolen. Die Astronaut Maneuvering Unit war ein regelrechter „Raketenrucksack“, dessen Entwicklungslinie schließlich zur weltbekannten MMU des Space Shuttle Programms führen sollte. Grundlegend für den Erfolg der Primärmission war jedoch der geglückte Start des Zielsatelliten GATV 9. Am 17.05.1966 liefen die letzten Minuten der Countdowns für die Atlas-SLV3 Agena-D mit dem Zielsatelliten und für die Titan-II GLV mit Gemini IX. Die Atlas hob schließlich von LC-14 in Cape Canaveral ab und stieg in den Himmel. Doch dann vollführte nach 121 s, kurz vor Brennschluß, eines der beiden Außentriebwerke der Atlas vollkommen überraschend einen Schwenk bis zur maximalen Auslenkung. Bei vollem Schub kam die Rakete immer weiter vom Kurs ab. Als die Stufentrennung erfolgte, hatte die Agena bereits Kurs aufs Meer genommen. Da auch der Funkkontakt zur Rakete verlorengegangen war, mußte selbst der Sicherheitsoffizier dem Geschehen tatenlos zuschauen. Nach 7:36 min war alles vorbei. Die Rakete schlug nach 198 km Flug auf dem Atlantik auf. Damit wurde der Start von Gemini IX zunächst hinfällig und die NASA begann, über mögliche Alternativen für die Mission nachzudenken. Als Ursache für das erratische Verhalten der Atlas wurde später ein Kurzschluß in der Steuerungselektronik festgestellt, möglicherweise infolge eines eingequetschten Kabels oder etwas ähnlichem.
