Das amerikanisch-russische Shuttle-Mir Programm wurde am 16.09.1996 um 08:55 UTC mit dem Start von „Atlantis“ F-17 zur Mission STS-79 fortgesetzt. An Bord des Orbiters befanden sich beim Start von Cape Canaveral Kommandant William Readdy, Pilot Terrence Wilcutt sowie die Missionsspezialisten Thomas Akers, Jerome Apt und Carl Walz. Dazu kam John Blaha, der Shannon Lucid auf der Mir ablösen sollte. Die hatte einen neuen Flugzeitrekord für amerikanische Astronauten aufgestellt, nicht zuletzt, weil sich der Start der „Atlantis“ um anderthalb Monate verzögert hatte. Während der Startvorbereitungen waren Bedenken hinsichtlich der Sicherheit der Feststoffbooster aufgekommen. Die Untersuchung der Booster nach der STS-78 Mission hatte beschädigte Nahtstellen zwischen den Boostersegmenten aufgezeigt, was auf die Verwendung eines neuen flexiblen Dichtmittels zurückgeführt wurde. Daher diskutierte die NASA den Austausch der Booster im VAB. Der auf Cape Canaveral zusteuernde Hurrikan „Bertha“ nahm dem Management die Entscheidung ab. Am 09.07.1996 wurde entschieden, die „Atlantis“ von LC-39 A zurück ins VAB zu rollen und vor dem Sturm zu sichern. Damit war der vorgesehene Starttermin 31.07.1996 ganz sicher nicht mehr zu halten und es ergab sich die Gelegenheit, die Booster sicherheitshalber gegen solche auszutauschen, die noch mit dem alten Dichtmittel verarbeitet worden waren. Die „Atlantis“ wurde auf dem Stack aus SRBs und External Tank montiert, der eigentlich für STS-80 vorgesehen war. Als neuer Starttermin war nun der 14.09.1996 ausgewählt worden, doch am 04.09.1996 mußte die „Atlantis“ erneut zurück ins schützende VAB, da sich jetzt der Hurrikan „Fran“ dem Cape näherte. Schon am nächsten Tag kehrte das Shuttle aber zum Startkomplex zurück. Und diesmal lief der Countdown bis zum Start reibungslos durch. In der Aufstiegsphase fiel zwar die APU #2 aus, die Regularien erlaubten aber auch unter diesen Bedingungen eine Fortführung des Fluges. Und so aktivierten die Astronauten nach dem Erreichen der Umlaufbahn planmäßig ihre ersten Experimente. Diese waren u.a. im Spacehab Doppel-Modul untergebracht, das in der Nutzlastbucht neben dem Docking System untergebracht war. Die vordere Hälfte des Spacehab beherbergte die Experimente, während in der hinteren die Versorgungsgüter für die Mir verstaut waren. Am 19.09.1996 um 03:13 UTC koppelte die Cockpitcrew Readdy und Wilcutt die „Atlantis“ sicher an der Raumstation an. Die nächsten Tage wurden für gemeinsame Forschungen beider Besatzungen genutzt. Zudem übergab Lucid ihre Experimente an Blaha und wies ihn in die Besonderheiten der Arbeit an Bord der Mir ein. Auch das Umladen der 3,5 Tonnen Fracht in die Raumstation dauerte seine Zeit. Auch die Biotechnology Engineering Development Unit mußte im Spacehab demontiert und im „Priroda“ Modul der Mir wieder installiert werden. Dort fand auch der Commercial Generic Bioprocessing Apparatus seinen Platz. Mit der IMAX Kamera, die nach dieser Mission an Bord der Mir verbleiben sollte, wurde der Alltag der Raumfahrer eindrucksvoll dokumentiert. Am 24.09.1996 um 01:34 UTC löste sich die „Atlantis“ dann wieder von der Raumstation. Mit an Bord die Rekord-Astronautin Lucid. Vor der Shuttle Mannschaft lagen noch zwei Tage im All, bevor die Rückkehr zur Erde eingeleitet wurde. Die „Atlantis“ nutzte die erste sich an diesem Tag bietende Gelegenheit und setzte am 26.09.1996 um 12:13 UTC nach 243:18 h auf der Runway 15 des Kennedy Space Center auf. Astronautin Lucid hatte ungeplant nun sogar mit 4.516:00 h über ein halbes Jahr im All verbracht, was der typischen Aufenthaltsdauer einer Mir oder ISS Stammbesatzung entsprach. Daher lieferte ihr Flug den amerikanischen Raumfahrtmedizinern wertvolle Erkenntnisse für die Planung späterer Missionen. Mit dem erfahrenen Blaha an Bord der Mir wurden die Experimente nahtlos fortgesetzt.
