Nachdem Progress MS-15 am 09.02.2021 die Docking-Position am „Pirs“ Modul freigemacht hatte, traten in Baikonur die Vorbereitungen zum Start von Progress MS-16 in die finale Phase ein. Ursprünglich war die Ablösung bereits für den Dezember geplant gewesen. Doch im Oktober fiel die Entscheidung, mehrere bereits ausgelieferte Sojus-Raketen einer zusätzlichen Überprüfung zu unterziehen. Nähere Details wurden nicht bekanntgegeben. So blieb auch offen, ob ein Zusammenhang mit den Beschädigungen bestand, die Progress MS-15 bei der Abtrennung der Nutzlastverkleidung erlitten hatte. Für die Kosmonauten an Bord der ISS bedeutete die Verzögerung, daß sie erstmals seit vielen Jahren keine Präsente zum Weihnachts– und Neujahrsfest erhalten würden. Entsprechend gravierend mußten die Probleme mit der Trägerrakete wohl sein. Denn der Einfluß, den persönliche Geschenke von Angehörigen, aber auch frische und saisonale Lebensmittel auf das Wohlbefinden einer Besatzung hatten, war mittlerweile wohlbekannt. Roskosmos blieb jedoch lediglich die Option, die psychologische Betreuung von Sergej Ryschikow und Sergej Kud-Swertschkow zu intensivieren und einige Dinge mit dem nächsten US Versorgungsraumschiff zur ISS senden zu lassen. Doch nun hatte die Wartezeit ein Ende. Am 15.02.2021 um 04:45 UTC hob die Sojus-2.1a 14A14 Rakete mit dem Raumschiff von Baikonur ab. Zwei Tage später war das Docking am „Pirs“ Modul geplant. Bis wenige Meter vor dem Ziel verlief die Annäherung auch programmgemäß. Doch dann brach das Raumschiff aus dem Anflugkorridor aus. Flugleitung und Kosmonauten reagierten jedoch umgehend. Per TORU Fernsteuerungssystem konnte Progress MS-16 sicher an die Station herangeführt werden und löste um 06:27 UTC den Kontakt am Kopplungssystem aus. Gut fünf Minuten darauf hatten sich die Halteklammern sicher um den Dorn der Progress geschlossen und eine stabile Verbindung hergestellt. Damit war der Nachschub für die ISS gesichert, vor allem aber auch die Manövrierfähigkeit. Denn die Triebwerke der Progress waren entscheidend für die Bahnmanöver des Orbitalkomplexes. Unter den 2.460 kg Fracht (wovon 1.400 kg „Trockenfracht“ in der Druckkabine transportiert wurden) befanden sich auch ein Spezialmikroskop und ein Reparatur-Kit, mit dessen Hilfe die Kosmonauten versuchen sollten, die Risse in der Druckhülle des „Swjesda“ Moduls zu versiegeln. Seit Monaten war in der ISS nämlich ein schleichender Druckverlust registriert worden, der im letzten Quartal 2020 schließlich ein Ausmaß erreicht hatte, daß ein Eingreifen unabdingbar machte. Die Besatzung hatte in den letzten Monaten viel Zeit darauf verbracht, Ursache und Ort des Druckverlusts zu identifizieren. Schließlich konzentrierte sich die Suche auf die Übergangssektion von „Swjesda“ zum integrierten Kopplungsmodul. Erste Versuche, die Leckagen abzudichten, hatte nur einen Teilerfolg gebracht. Offenbar gab es mehr als eine undichte Stelle. Einer der suspekten Bereiche war zudem extrem schwer zu erreichen. Hier den Riß anzubohren (um die weitere Ausbreitung zu stoppen) und mit dem Klebeflicken abzudichten, war eine Herausforderung.
Besorgnis erregte auch der erneute Zwischenfall beim Docking. Denn Bilder zeigten bei Progress MS-16 wieder erhebliche Beschädigungen an den Antennen und Streben des Raumschiffs. Alles sprach dafür, daß es bei der Abtrennung der Nutzlastverkleidung zu einem Zusammenprall mit dem Raumschiff gekommen war. Scheinbar hatte eine vor noch nicht langer Zeit eingeführte konstruktive Veränderung das Problem ausgelöst. Doch die genaue Dynamik des Trennvorgangs konnte offenbar nicht simuliert werden. Jedenfalls hatten die Experten beim Hersteller in Samara vor diesem Start Modifikationen eingeführt, die, wie sich nun herausgestellt hatte, keinen Beitrag zur Lösung des Problems geliefert hatten.
