Discoverer VI erreichte nach dem Start mit einer Thor-​DM18 Agena-​A am 19.08.1959 von der Vandenberg AFB seine Umlaufbahn und fertigte wohl auch planmäßig Aufklärungsfotos an, bevor nach zwei Orbits das System versagte. Die Rückführung der Kapsel mit den Filmaufnahmen nach 17 Orbits mißlang ebenfalls, da die Retroraketen nicht gezündet werden konnten. Die Kapsel (SRV) strandete jedenfalls auf einem ähnlichen Orbit wie der Rest des Satelliten. Nach diesem wiederholten Mißerfolg wurde das gesamte Programm vorübergehend gestoppt. Am 08.09.1959 forderte ein unabhängiger Report die Einstellung aller weiteren Flüge bis zur Behebung einer Reihe von Schwachpunkten. Daraufhin erhöhte Lockheed die Batteriekapazität der Kapsel und verbesserte die Instrumentierung. Damit hoffte man, endlich den Durchbruch zu erzielen und das Programm vor der drohenden Einstellung zu retten. Denn aufgrund der beschränkten Nutzlastkapazität der Trägerrakete hatte man bisher auf eine umfangreichere Sensor– und Telemetrieausrüstung verzichten müssen, so daß nur wenige Anhaltspunkte zu den tieferen Ursachen der fehlgeschlagenen Missionen vorlagen.