Nach dem ernüchternden Testflug von Little Joe LJ-​5  am 08.11.1960 stand im März 1961 die Wiederholung der fehlgeschlagenen Mission an. Noch immer unklar war, wie es beim letzten Test zum vorzeitigen Auslösen der Rettungstriebwerke hatte kommen können. Die Mission LJ-​6  wurde nunmehr als Wiederholung des mißlungenen Tests angelegt und fortan an LJ-​5 A bezeichnet. Ziel war wieder die Qualifizierung des Rettungssystems unter den Bedingungen eines Flugabbruchs bei maximaler aerodynamischer Belastung. Der Start am 18.03.1961 von Wallops Island erfolgte zunächst ebenso wie der Aufstieg programmgemäß. Doch nach 20 s Flug und damit 14 s zu früh zündete wieder das Rettungstriebwerk, ohne daß die Kapsel von der Rakete getrennt war. Das Signal zur Abtrennung kam wie programmiert erst nach 35 s (andere Quellen sprechen von einer Nottrennung per Kommando vom Boden). Doch wiederum unerwartet zündete nach 43 s das Retro-​Triebwerk der Kapsel (das als Reserve-​Trenntriebwerk vorgesehen gewesen war). Die aerodynamische Belastung betrug in diesem Augenblick das zehnfache des Wertes, der im Apogäum der Bahn wirkte, wo dieses Manöver eigentlich stattfinden sollte. Daher geriet die Kapsel sofort ins Taumeln und stürzte nur knapp an der ausgebrannten Rakete vorbei. Der Turm mit der Rettungsrakete konnte aber abgetrennt werden, so daß wenigstens der Ausstoß des Fallschirms gelang. Allerdings öffneten sich dabei sowohl der Haupt– als auch der Reserverschirm. An ihnen hängend driftete die Kapsel fast 15 km aus dem Zielgebiet. Schließlich fielen die Fallschirme nach der Wasserung auch noch so unglücklich über die Kapsel, daß eine Bergung per Hubschrauber unmöglich wurde. Letztlich wurde Kapsel #14 von einem Schiff der US Navy an Bord genommen. Angesichts der Umstände war die Kapsel in einem guten Zustand. Die Fallschirme hatten der sechsfache Belastung gegenüber der berechneten standgehalten. Dafür war der Beryllium-​Hitzschild trotz der um 60% niedrigeren Sinkrate beim Aufprall beschädigt worden. Strukturell hatte die Kapsel den Flug aber gut überstanden und konnte so für einen weiteren Test aufgearbeitet werden. Bei der Auswertung von Flug LJ-​5 A stieß man schließlich auch auf die Ursache für die beiden fehlgeschlagenen Tests: strukturelle Deformationen führten zu Fehlfunktionen im elektrischen System für die Kapsel-​Trennung.