Einer der wenigen Fehlstarts einer Sojus-​Rakete ereignete sich am 14.05.1996. Die Analyse des Zwischenfalls ergab, daß die Nutzlastverkleidung, die den „Kometa“ (Erzeugnis 11F660) Satelliten schützen sollte, wegen Qualitätsmängeln im Fertigungsprozeß 49 s nach dem Start von Baikonur strukturell versagte, nachdem bereits 20 Sekunden zuvor erste Schäden aufgeteretn waren. Durch die asymmetrisch einströmende Luft geriet die Sojus in eine zunehmende Rotation um die Längsachse, die das Steuerungssystem überforderte. Nachdem nach 124 s die Notabschaltung der Erststufe auslöste, stürzte die schwer beschädigte Rakete nach 310 s Flug ab. Der Jantar-​1KFT Satellit hätte bei einem geglückten Start kartographisches Material geliefert, das überwiegend kommerziell vermarktet werden sollte. Die US Unternehmen Aerial Images Inc. und Central Trading Systems Inc. hatten dazu mit dem russischen Anbieter Sovinformsputnik einen Vertrag abgeschlossen über die Lieferung von hochauflösenden (2 m) Fotos. 1996 entstand dann die neue Firma SPIN-​2  Inc. für das gleichnamige Projekt (Space Information — 2 meter resolution). Die US Firmen sollten bei dieser ersten Mission Aufnahmen von 1,2 Mio. km² Erdoberfläche erhalten. Die Bestrebungen Rußlands, ein kommerzielles Raumfahrtprogramm aufzubauen, hatten mit diesem Fehlstart einen weiteren Dämpfer erhalten.
Bemerkenswert ist die Vorgeschichte der von diesem Fehlstart betroffenen Rakete. Sie war ursprünglich als Sojus-​U2 11A511U2 zum Start eines Orlets-​1  (Erzeugnis 17F12) Fotoaufklärungssatelliten bestellt worden. Als Mitte der 1990^er Jahre aber die Bestände des Spezialtreibstoffs „Sintin“ aufgebraucht und neuer nicht mehr beschafft werden konnte, wurden die letzten Exemplare mit gewöhnlichem Kerosin betankt. Einige Exemplare wurden wohl auch im Herstellerwerk auf die Sojus-​U 11A511U Konfiguration umgerüstet. Ob die Rakete mit der Bordnummer № 78051−368  bei ihrem Einsatz nun noch als Sojus-​U2  oder eher als Sojus-​U anzusehen war, ist zwischen Experten umstritten. Während der langen Lagerung war jedenfalls der Einhaltung und Kontrolle der Umweltbedingung wenig Beachtung geschenkt worden, was die Schäden an den Laminierung der Nutzlastverkleidung möglicherweise begünstigt hatte. Kritik übte der Untersuchungsbericht aber vor allem an der offenbar oberflächlichen Inspektion im Rahmen der Startvorbereitung.