Nach dem tragischen Verlust der US Raumfähre „Columbia“ mit ihrer siebenköpfigen Crew war die Zukunft des ISS Projekts unsicherer denn je. Für die Versorgung konnte man nun auf unbestimmte Zeit ausschließlich auf russische Raumfahrzeuge zurückgreifen: Progress Frachtraumschiffe und Sojus Raumkapseln. Am 04.05.2003 stand die Rückkehr der abgelösten sechsten ISS Stammbesatzung mit Sojus TMA-​1 an. Erstmals kehrten damit US Astronauten an Bord eines russischen Raumschiffs zur Erde zurück. Nikolai Budarin, Kenneth Bowersox und Donald Pettit hatten ihren Weltraumaufenthalt zudem verlängern müssen, bis die amerikanische und die russische Raumfahrtbehörde Pläne für die Fortführung des bemannten Betriebes der ISS ausgearbeitet hatten. Vorläufig sollte nur noch eine jeweils zweiköpfige Rumpfbesatzung den Betrieb der ISS sicherstellen. Nachdem am 28.04.2003 ihre Ablösung mit Sojus TMA-​2 eingetroffen war, konnten sie endlich zur Erde zurückkehren. Am 03.05.2003 um 22:43 UTC koppelte ihr Sojus Raumschiff vom „Pirs“ Modul der ISS ab. Im Gegensatz zu früheren Sojus Modifikationen, die zunächst unbemannt erprobt worden waren, hatte man das Risiko der Modifikationen für den Wechsel vom TM zum TMA Modell als gering eingeschätzt und war direkt mit einem bemannten Flug in die neue Serie eingestiegen. Das tadellose Verhalten des Raumschiffs bis hin zum Docking schien diese Entscheidung auch zu stützen. Doch nach einem zunächst planmäßigen Retromanöver ging die Wiedereintrittsbahn von Sojus TMA-​1  im Laufe des Abstiegs in ein ballistisches Regime über. In diesem Modus erfolgt der Abstieg jedoch wesentlich steiler und mit höheren Verzögerungswerten (8 g gegenüber üblichen 3 g). Dennoch war die Sicherheit der Crew nicht gefährdet. Nur erfolgte die Landung jetzt 460 km vor dem geplanten Aufsetzpunkt. Der Flug endete am 04.05.2003 um 02:04 UTC, womit für die drei Raumfahrer ein Flug von 3.865:15 h zu Ende ging. Da der Großteil der Bergungskräfte in der Hauptlanderegion stationiert war, dauerte es zwei Stunden, bis ein Suchflugzeug die Kapsel nahe der Stadt Turgai (Kasachstan) auf der Seite liegend mit offener Luke entdeckte. Die von einem knapp 5½-​monatigen Weltraumaufenthalt geschwächten Raumfahrer hatten sich selbst aus der Kapsel befreit und erwarteten die Ankunft der Bergungsmannschaften, die nach viereinhalb Stunden endlich vor Ort waren.
Trotz einer gründlichen Untersuchung des Landezwischenfalls konnten die Experten des Herstellers RKK Energija die Ursache für die Anomalie nicht wirklich aufklären. Die meisten Indizien waren mit dem Antriebsmodul der Sojus verglüht. Man kam zu dem Schluß, daß unter seltenen Umständen minimale Abweichungen in der ersten Phase des Retromanövers dazu führen konnten, daß der Bordcomputer das ballistische Regime aktivierte. Damit schien die Sache erledigt zu sein und man gab ab Sojus TMA-​3 allen Besatzungen ein Iridium Satellitentelefon und einen GPS Empfänger mit, damit sie nach der Landung schneller Hilfe zur Landestelle beordern konnten. Doch wiederholte sich der ballistische Abstieg bei Sojus TMA-​10 und Sojus TMA-​11!