Nur wenige Wochen nach dem Zusammenschluß der beiden japanischen Raumfahrtorganisationen NASDA und ISAS zur JAXA erlebte diese im November 2003 einen schweren Rückschlag, als eine H-​IIA Rakete mit zwei Aufklärungssatelliten an Bord außer Kontrolle geriet und gesprengt werden mußte. Einer der beiden SRB-​A Feststoffbooster hatte sich nicht von der Rakete gelöst und der Zuwachs an Masse und Luftwiderstand verhinderte das Erreichen ein Umlaufbahn. Es folgte eine langwierige Untersuchung, bei der man schließlich die Ursache fand: die extrem heißen Verbrennungsgase des Steuerbord-​Feststoffboosters hatten am Übergang zwischen Triebwerk und Entspannungsdüse ein Leck gefunden, durch das ein Teil des Gases unkontrolliert ausströmte und dabei die obere Pyroladung beschädigte. Als dann das Zündkommando für die Abtrennung der Booster gesendet wurde, trennte sich der Backbord-​Booster planmäßig ab, beim Steuerbord-​Booster zündete aber nur die Pyroladung im Heck. Da ein weiterer Fehlstart das ohnehin geschwächte Vertrauen in die JAXA nachhaltig zerstört hätte, wurden umfangreiche Tests angesetzt, bevor die nächste H-​IIA, eine H-IIA Mod. 2022, zum Start freigegeben wurde. Zunächst war der Start für Januar 2005 vorgesehen, wurde dann aber auf den 24.02.2005 festgesetzt. Anhaltend schlechtes Wetter machte eine Verschiebung erforderlich, bis die Rakete schließlich am 26.02.2005 vom Raumfahrtzentrum Tanegashima abheben konnte. Zeichen der Bemühungen um eine kommerzielle Vermarktung der Rakete war die Durchführung des Starts in Verantwortung der Vermarktungsfirma Rocket System Cooperation. Reibungslos erreichte die Rakete diesmal die vorgesehene geostationäre Transferbahn und setzte dort den Mehrzwecksatelliten MTSAT 1R (Multifunctional Transport Satellite 1 Replacement) aus. Dieser trat die Nachfolge des kaum noch nutzbaren meteorologischen Satelliten „Himawari“ 5 an und war das Ersatzgerät für den bei einem früheren Fehlstart verlorengegangenen MTSAT 1. Nach Erreichen der vorgesehenen geostationären Position erhielt der von Space Systems/Loral gebaute MTSAT 1R daher auch den Namen „Himawari“ 6. Neben seiner Rolle als meteorologischer Satellit diente er aber auch aeronautischen Zwecken, namentlich der Entwicklung eines zukünftigen satellitengestützten Navigationssystems für Flugzeuge. MTSAT 1R, ausgelegt für einen Betrieb von fünf bzw. zehn Jahren (meteorologische bzw. aeronautische und Kommunikationsnutzlast), war von wiederholten Ausfällen betroffen. Als am 23.05.2005 ein Elektronikdefekt die Bildübertragung unterbrach, rettete ein Reservesystem die Mission. Ein erster schwerer Zwischenfall ereignete sich bereits am 16.04.2006, als wegen eines Computerproblems der Satellit fast einen ganzen Tag außer Kontrolle war. Vom 11. auf den 12.11.2009 geriet MTSAT 1R erneut für mehrere Stunden außer Kontrolle. Diesen Ausfall konnte man dank der Daten von MTSAT 2 für die Anwender kompensieren. Umgekehrt sprang aber auch MTSAT 1R mehrfach für MTSAT 2 ein, der ebenfalls unter einigen Problemen litt. Nachdem die Treibstoffreserven auf ein kritisches Niveau gesunken waren, erfolgte zum 04.12.2015 die kontrollierte Außerdienststellung von MTSAT 1R.
Nach dem Aussetzen des Satelliten wurde die Zweitstufe der H-​IIA noch für ein weiteres Experiment genutzt. Die Stufe wurde ein drittes Mal gezündet. Dabei wurden umfangreiche Telemetriedaten zur Erde übertragen. Die Techniker konnten daraus ableiten, daß die Zweitstufe für eine solche Brennsequenz tauglich war, was es ermöglichte, beispielsweise Satelliten direkt auf eine Synchronbahn zu befördern.