Zur Versorgung der Internationalen Raumstation startete am 16.06.2005 um 23:10 UTC von Baikonur mit einer Sojus-​U 11A511U Rakete ein weiteres Progress-​M Transportraumschiff. Progress M-​53  hatte mehr als zwei Tonnen Versorgungsgüter für die 11. Stammbesatzung der ISS an Bord, darunter 180 kg Treibstoff, 110 kg Sauerstoff, 420 kg Trinkwasser und mehr als 1.400 kg Stückgut. Dringend erwartet wurden nicht nur frische Lebensmittel, sondern diesmal auch 40 Solid Fuel Oxygen Generation Cartridges (SFOG) für die Notsauerstoffversorgung und Ersatzteile für das Elektron Sauerstofferzeugungssystem. In den letzten Wochen hatte die Sauerstoffversorgung der ISS immer wieder für Aufregung gesorgt. Das Elektron System hatte mehrfach versagt und die Reparaturversuche der Crew waren nur bedingt erfolgreich gewesen. Daher war man verstärkt auf den Einsatz der SFOG „Sauerstoff-​Kerzen“ angewiesen. Zwei von ihnen mußten pro Tag abgebrannt werden. Nach einem Routineanflug war das Docking von Progress M-​53  für die frühen Morgenstunden des 19.06.2005 vorgesehen. Doch in der letzten Flugphase hatte das Flugleitzentrum Schwierigkeiten, den Funkkontakt zu dem Raumschiff aufrechtzuerhalten. Daher wurde Kommandant Sergej Krikaljow informiert, daß er die Kopplung aus 120 m Entfernung manuell steuern mußte. Routiniert bewältigte er diese Aufgabe und am 19.06.2005 um 00:42 UTC hatte Progress M-​53  angekoppelt.
Bis zum 07.09.2005 um 10:26 UTC blieb Progress M-​53  am Heck des „Swjesda“ Moduls angedockt. Nach dem Abkoppeln von der ISS vergingen drei Stunden bis zum entscheidenden Retro-​Manöver, das den mit Abfällen beladenen Frachter über einem entlegenen Gebiet des Pazifik in die Atmosphäre eintreten und verglühen ließ. Das Ende der Mission wurde am 07.09.2005 um 14:13 UTC festgestellt.