Das 25. Progress Versorgungsraumschiff für die ISS (ISS-​25P) startete am 12.05.2007 um 03:26 UTC mit einer Sojus-​U 11A511U Rakete vom Kosmodrom Baikonur. Progress M-​60  hatte wie üblich verschiedenste Versorgungsgüter an Bord, darunter Lebensmittel, Sauerstoff, Wasser, Treibstoff, Ausrüstungsgegenstände und persönliche Dinge für die ISS Besatzung. Insgesamt lieferte die Progress 2.567 kg Nachschub, davon waren 1.287 kg in der hermetischen Frachtsektion untergebracht. Das Docking mit der ISS erfolgte am 15.05.2007 um 05:10 UTC am Heck des „Swjesda“ Moduls. Das Triebwerk des Frachters wurde am 23.05.2007 eingesetzt, um die Bahn der ISS um 800 m anzuheben. Am 21.07.2007 zündeten im Rahmen eines Testprogramms die Steuertriebwerke von Progress M-​60 . Ziel war es, die Reaktion der ISS auf den Impuls zu bestimmen, nachdem die Montage neuer Solarzellenflächen die Struktur der Raumstation deutlich verändert hatte. Nachdem bei Montagearbeiten an der ISS u.a. ein 630 kg schwerer Ammoniaktank in den Weltraum entlassen worden war, wurde am 23.07.2007 der Antrieb des Raumschiffs erneut genutzt, um die Bahn zu korrigieren und aus dem Bereich des erzeugten Weltraummülls zu entkommen. Die Bahnanhebung um rund 7.900 m optimierte zudem die Bedingungen für das Rendezvous mit dem nächsten Progress Raumschiff und erweiterte das Startfenster für die STS-​118  Mission. Am 19.09.2007 um 00:37 UTC koppelte Progress M-​60  schließlich von der ISS ab und manövrierte auf eine eigene Bahn, von der aus am 25.09.2007 der gezielte Wiedereintritt in die Atmosphäre eingeleitet wurde. Bis dahin wurde das Raumschiff aber noch als Plattform für Plasmaphysik-​Experimente („Plasma-​Progress“) genutzt. Beim Überflug einer Radarstation in Irkutsk wurden die Progress Triebwerke gezündet und ihre Interaktion mit dem umgebenden Plasma beobachtet. Am 25.09.2007 gegen 19:48 UTC verglühten die Trümmer von Progress M-​60  dann über dem Pazifik in der Atmosphäre.