Am 10.02.2009 um 05:50 UTC, nur wenige Tage nach dem Abkoppeln von Progress M-​01 M, startete mit Progress M-​66  ein weiteres Versorgungsraumschiff zur ISS. Bis zur endgültigen Ablösung des bisherigen Progress-​M Standardmodells durch den moderneren Nachfolger mit seinem leichteren und leistungsfähigeren digitalen Bordcomputer sollten noch einige Starts vergehen. Keinesfalls wollte man riskieren, daß Probleme mit dem neuen Typ die Versorgung der Raumstation gefährdeten. Nach dem Start der Sojus-​U 11A511U Rakete von Baikonur, für den erstmals (im Rahmen des Progress Programms) seit Progress M-​15  im Jahr 1992 wieder der Startkomplex 31 genutzt worden war, näherte sich Progress M-​66  über mehrere Tage auf einer Standardbahn der ISS. Das Docking erfolgte nach einem vollautomatischen Anflug am 13.02.2009 um 07:18 UTC am „Pirs“ Modul der Raumstation. Rund 2.400 kg Nachschub erreichten damit die ISS, darunter Treibstoff, Sauerstoff, Nahrungsmittel, Wäsche und medizinische Gerätschaften. Von der Besatzung der ISS mit besonderer Spannung erwartet wurden natürlich einige persönliche Kleinigkeiten und frische Lebensmittel. Größere Bedeutung für den Fortgang der Mission hatte dagegen der angelieferte neue Orlan-​MK Raumanzug. Progress M-​66  blieb bis zum 06.05.2009 um 15:18 UTC an der ISS angekoppelt. Nach dem Trennmanöver wurde noch nicht das übliche Retromanöver eingeleitet. Vielmehr diente die Progress einer Serie von geophysikalischen Experimenten zur Plasmaphysik. Erst am 18.05.2009 um 14:28 UTC wurde das finale Bremsmanöver eingeleitet. Gegen 15:15 UTC endete die Existenz des Raumschiffs.