Einen der wenigen Doppelstarts einer Proton Rakete erlebte Baikonur am 11.02.2009. Ursprünglich hatte die Phase III Proton-​M 8K82KM mit Bris-​M 14S43  Bugsierstufe bereits im Dezember 2008 starten sollen, doch es gab Verzögerungen bei der Fertigstellung einer der beiden Nutzlasten. Die Rakete sollte zwei Kommunikationssatelliten für den russischen Betreiber RSCC (Russian Satellite Communications Company) auf eine Synchronbahn befördern. Neben Ekspress-​AM44 , einem weiteren Vertreter der bewährten Ekspress-​AM Baureihe vom führenden russischen Hersteller für Kommunikationssatelliten, OAO ISS (ehemals NPO PM), war ein kleinerer Satellit, Ekspress-​MD1  zum Start vorgesehen. Der Satellit stammte wie auch die Trägerrakete aus dem GKNPZ Chrunitschew, wo man bis dato noch nicht viele Erfahrungen mit dem Bau von Kommunikationssatelliten hatte sammeln können. Wenige Monate zuvor war erst der konstruktiv ähnliche Satellit KazSat ausgefallen, was sicherlich zu der verspäteten Übergabe von Ekspress-​MD1  beigetragen haben dürfte. Die Kommunikationsnutzlast (acht C-​Band und ein L-​Band Transponder) für Ekspress-​MD1  stammte von Thales Alenia. Im OAO ISS arbeitete man dagegen mit Alcatel Space zusammen. Ekspress-​AM44  wurde mit sechs Ku-​Band, zehn C-​Band und einem L-​Band Transponder ausgestattet. Anders als bei der europäischen Ariane Rakete wurde der kleinere Ekspress-​MD1  zum Start direkt auf den größeren Ekspress-​AM Satelliten aufgesetzt. Diese Variante sparte natürlich das Gewicht für eine spezielle Doppelstartstruktur, funktionierte aber nur mit aufeinander abgestimmten Satellitentypen. Für den Start kam eine bereits zuvor erprobte Hochleistungsvariante der Proton-​M zum Einsatz, bei der die Leistung der Triebwerke etwas gesteigert und das Gewicht einiger Untersysteme verringert worden war. Dadurch wurde es möglich, die Satelliten mit der Bris-​M Endstufe direkt auf eine Synchronbahn zu befördern. Dieses Manöver gelang ebenso wie der eigentliche Start ohne Probleme.
Nach nur knapp viereinhalb Jahren im All geriet am 04.07.2013 Ekspress-​MD1  außer Kontrolle. Ausgerechnet die wichtige Orbitalposition 80° Ost wurde damit massiv geschwächt. 117 Millionen Menschen lebten im Versorgungsbereich des Satelliten, der die zentralen russischen Fernsehkanäle übertrug. Immerhin griffen die für eine solche Situation vorbereiteten Notfallszenarien. Die beiden Hauptkanäle konnten innerhalb weniger Augenblicke für die Mehrzahl der Bevölkerung im europäischen Teil Rußlands bis hin zum Ural wieder aufgeschaltet werden. Nach sieben Stunden waren alle Kanäle über andere Satelliten des Betreibers RSCC wieder zu empfangen. Für den Hersteller Chrunitschew kam der Zwischenfall äußerst ungelegen, war doch zwei Tage zuvor erst eine Proton-​M in Baikonur abgestürzt, wobei drei dringend benötigte Satelliten für das GLONASS Navigationssystem zerstört worden waren. Ekspress-​MD1  konnte nicht reaktiviert werden. RSCC erhielt im Februar 2014 die Versicherungssumme ausgezahlt.