Das zweite Exemplar aus der verbesserten Progress-M 11F615A60 Baureihe russischer Transportraumschiffe startete am 07.05.2009 um 18:37 UTC mit einer Sojus-U 11A511U Rakete vom Kosmodrom Baikonur. Nach einem ereignislosen mehrtägigen Annäherungsmanöver koppelte Progress M-02 M am 12.05.2009 um 19:24 UTC am „Pirs“ Modul der ISS an. Statt der sonst üblichen zwei Tage waren diesmal fünf vergangen. Ziel dieser ausgedehnten Flugphase war es, den Kontrollern im Flugleitzentrum mehr Gelegenheit zu geben, die Avionik gründlich zu testen. Auffälligkeiten gab es dabei nicht, so daß auch das Docking im automatischen Regime unternommen werden konnte. Kommandant Gennadi Padalka, der sich für den Notfall bereitgehalten hatte, mußte nicht eingreifen. Mehr als zwei Tonnen Versorgungsgüter, Ersatzteile, Experimente, Kleidung, Nahrungsmittel, Wasser, Sauerstoff und Treibstoff erreichten damit die Raumstation. Nicht alltäglich war der neue Orlan-MK Raumanzug, der in der hermetischen Frachtsektion des Progress Transporters verstaut war. Progress M-02 M koppelte am 30.06.2009 um 18:30 UTC von der ISS ab. Wie schon nach dem Start diente der Frachter auch jetzt zunächst noch den Ingenieuren als Vehikel für einige Tests. Ziel war diesmal die Erprobung der Annäherungssysteme am erdabgewandten Dockingport des „Swjesda“ Moduls. Dieser war erst seit kurzem vollständig für Kopplungsmanöver ausgerüstet. Am 12.07.2009 näherte sich Progress M-02 M dem Kopplungsstutzen im automatischen Regime bis auf 17 m. Ein echtes Docking war nicht vorgesehen. Daher manövrierte die Progress anschließend wieder weg von der ISS und steuerte schließlich auch auf eine tiefere Bahn. Am 13.07.2009 um 15:43 UTC wurde dann das Retromanöver eingeleitet, das die Progress auf einen steilen Abstiegskurs in die dichtere Atmosphäre brachte. Gegen 16:29 UTC verglühten die Trümmer des Raumschiffs über dem Pazifik. Dabei gingen auch die beiden ausgedienten Orlan-M Raumanzüge Nr. 25 und 26 in Flammen auf. Sie hatten nach jeweils mehr als vier Jahren Einsatz das Ende ihrer Lebensdauer erreicht.