Nach fünfmonatigem Weltraumaufenthalt näherte sich der Flug von Progress M-​03 M im April 2010 seinem Ende. In Baikonur liefen die letzten Vorbereitungen zum Start von Progress M-​05 M, als am 22.04.2010 um 16:33 UTC die Halterungen am „Pirs“ Modul das Raumschiff freigaben und es sich mit Federkraft von der Station löste. Erst in sicherem Abstand wurden die Triebwerke des Frachters gezündet. Doch ein schnelles Ende der Mission war diesmal nicht vorgesehen. Vielmehr wurden die schon bei früheren Progress Flügen begonnenen Experimente zur Plasma-​Physik fortgesetzt. Am 27.04.2010 wurde schließlich das Bremsmanöver eingeleitet, das Progress M-​03 M in die dichteren Atmosphärenschichten eintauchen ließ. Am 27.04.2010 gegen 18:51 UTC endete die Existenz von Progress M-​03 M über einer entlegenen Region des Pazifik.