Während mit einer Reihe von russischen Progress-​Transportern nach dem Abkoppeln von der ISS noch geophysikalische Experimente unternommen worden waren, sah der Flugplan von Progress M-​16 M unmittelbar die Einleitung des Wiedereintritts vor. Das Frachtraumschiff koppelte, beladen mit Abfällen und nicht mehr benötigten Ausrüstungsgegenständen, am 09.02.2013 um 13:15 UTC von der ISS ab. Nach einigen Bahnmanövern zündete um 16:19 UTC das Haupttriebwerk für das Wiedereintrittsmanöver. Das Raumschiff trat planmäßig in die dichtere Atmosphäre ein und verglühte voraussichtlich vollständig. Sollten dennoch Trümmer überlebt haben, müßten diese den Berechnungen zufolge am 09.02.2013 gegen 17:05 UTC in den Südpazifik gestürzt sein.