Eine weitere Modifikation des altgedienten Progress-​Transportraumschiffs feierte im Dezember 2015 in Baikonur ihre Premiere. Die erste Progress-​MS startete am 21.12.2015 um 08:45 UTC mit einer Sojus-2.1a 14A14 von Baikonur. Der Einsatz dieser Trägerrakete hatte dafür gesorgt, daß sich der Jungfernflug verzögert hatte. Denn der erst zweite Start eines Progress Raumschiffs (in der älteren Progress-​M Ausführung) auf der an sich bewährten Sojus-2.1a hatte im April 2015 mit dem Verlust der Mission geendet. Offenbar hatten die Ingenieure die veränderte Dynamik des Systems falsch eingeschätzt. Neue Simulationen und vermutlich auch Modifikationen im Bereich des Stufenadapters hatten nun den Weg für den Premierenflug bereitet. Bei dem neuen Progress-​Modell waren eine Reihe von Neuerungen und Verbesserungen umgesetzt worden. So hatte man das bisherige (aus der Ukraine bezogene) Kurs-​A Rendezvoussystem durch das Kurs-​NA aus einheimischer Produktion ersetzt. Auch das Telemetriesystem kam nun aus Rußland. Für mehr Sicherheit in der Rendezvousphase sollte, unterstützt von LED-​Scheinwerfern, ein neues digitales Videosystem sorgen. Überhaupt war die Telemetriekapazität erhöht worden. Und die Daten konnten nun auch außerhalb der direkten Funksicht einer eigenen Bodenstation über die russischen „Lutsch“ Datenrelaissatelliten übertragen werden. Außerdem ließen sich nun die Daten von GLONASS Navigationssatelliten für die Navigation nutzen. Detailverbesserungen betrafen ferner den Kopplungsmechanismus selbst und den Schutz vor Mikrometeoriten. Schließlich konnten außenbords auch Startcontainer für CubeSats montiert werden. Nach einem reibungslosen Anflug erreichte die Progress MS-​01  am 23.12.2015 die ISS und dockte dort um 10:27 UTC mit 2.436 kg Nass– und Trockenfracht an Bord am „Pirs“ Modul an.