Eine neue Besatzung machte sich am 12.09.2017 um 21:17 UTC von Baikonur aus auf den Weg zur Internationalen Raumstation. Als die Sojus-FG 11A511U-FG vom Startkomplex 5 auf dem geschichtsträchtigen Platz 1 abhob, hatten in der Sojus MS-​06  Kapsel gemeinsam mit ihrem russischen Kommandanten Alexander Misurkin die beiden NASA Bordingenieure Mark Vande Hei und Joseph Acaba Platz genommen. Die Besatzung für diese Mission war nach der russischen Entscheidung, vorläufig nur noch mit zwei Kosmonauten an Bord der ISS Präsenz zu zeigen, Ende 2016 neu zusammengestellt worden. Misurkin und Vande Hei hatten ihren Platz auf Sojus MS-​04  verloren und waren neu für die Sojus MS-​06  eingeteilt worden. Im Rahmen einer komplexen Vereinbarung zwischen dem Boeing Konzern und RKK Energija, bei der es um den Ausgleich von Verbindlichkeiten aus dem gescheiterten Sea Launch Joint Venture ging, hatte die russische Seite mehrere Sojus Mitfluggelegenheiten anstelle von harter Währung angeboten. Boeing verkaufte nun zunächst zwei davon an die NASA (die ihrerseits aus politischen Gründen keine neuen „Sitze“ bei Roskosmos kaufen durfte). Statt Sojus MS-​06  nun nur mit zweiköpfiger Besatzung fliegen zu lassen, kam so der erfahrene Acaba mit in die Mannschaft. Alle drei Raumfahrer sollten zunächst die ISS Expedition 53 verstärken, um dann den Kern der neuen Expedition 54 zu bilden. Nach einem ereignislosen Start näherte sich die Sojus innerhalb von sechs Stunden der ISS und dockte am 12.09.2017 um 04:55 UTC am „Poisk“ Modul an. Wenig später präsentierten sich die nun sechs Raumfahrer für einen ersten gemeinsamen Pressetermin aus dem All.